Для того, чтобы в базе появился админ и менеджеры, там должна, как минимум, появиться таблица пользователей. Так что "чистой и без записей" база уже быть не может.
А где создаются таблицы, там они и запоняются дефолтными значениями (либо из коробки, либо из конфигуратора, запрашивающего эти самые значения в процессе установки).
В современных фреймворках, в частности, migration (прописанные кодом операции с базой) предполагают возможность seed (заполнения новых/измененных таблиц данными).