1. В поисковике множество решений с публикацией на ОС Windows, но это требует лишних вложений в лицензию. Есть ли тонкости при публикации в Debian/CentOS?
Для этих случаев есть PostgreSQL. Инструкции должны быть, на сайте у 1С в поддержке точно были.
2. При публикации базы нужно ли докупать на машину с веб-сервером многопользовательскую лицензию? Или тонкие клиенты смогут подцепиться со своей однопользовательской?
Для работы нужны только клиентские лицензии для тех машин, на которых будет запускаться клиентское приложение 1С, но хотя бы одна клиентская лицензия на машине с веб-сервером и опубликованной базой не помешает, что бы можно было на ней запустить конфигуратор для обновления и перепубликации базы
3. Можно ли опубликовать базу на машине с лицензией, а затем перенести её на другую машину (без лицензий 1с) простым копированием?
Не совсем поняла мысль. Перенести файловую базу разумеется можно, как любой каталог с файлами, только что будет с публикацией?
Если перенести и заново опубликовать, то нет проблем.
P.S.
9ГБ для файловой базы уже серьезно, можно дождаться, что база в какой-то момент перестанет запускаться.
Советую подумать о переходе на SQL или о свертке базы.
У 1С есть лицензия на Сервер МИНИ до 5 одновременных сеансов в режиме 1С:Предприятие + 1 сеанс в режиме конфигуратора по вполне разумной цене - 14400 руб.