Это можно сделать разными способами. Но наиболее развитый и гибкий на мой взгляд это через Beyond Compare или подобную утилиту. Далее зависит от типа задачи.
К примеру, если вы постоянно делается копирование, то можно сохранить в Beyond Compare и запускать, при этом просматривая изменения, что чаще всего психологически удобно.
Если же это не нужно, особо решения никакие принимать не нужно, можно автоматизировать через bat или ps1 и т.п.