https://en.wikipedia.org/wiki/Shebang_(Unix)
Я так понимаю разницы нет.
Т.е. файл читает
загрузчик программ (если, конечно, установлены права на выполнение), определяет какой именно интерпретатор запускать, и запускает его, передавая ему файл.
Правда, я тогда не совсем понимаю, какую безопасность тут обеспечивает права на выполнение, т.к. ничто не мешает писать /usr/bin/php /файл