Чаще всего авторизация через PAM, поэтому пользователь FTP = пользователь операционной системы.
Меняете домашнюю папку пользователя и готово.
Изменение домашней папки существующего юзера может иметь последствия если какое-то ПО уже завязалось на этих путях. Поэтому рекомендую сделать нового юзера для FTP.