Репозиторий нужно инициализировать в папке проекта, а не в домашней директории пользователя.
Из директории пользователя удалите скрытую папку .git, чтобы вернуть всё обратно.
Судя по скрину, вы внутри каталога с проектом, тут всё правильно.
Но такое ощущение, что в проекте есть жесткая ссылка на домашний каталог и гит по ней послушно идёт и видит много лишнего.
Покажите вывод верхнюю вкладку с содержимым проекта.