Если у вас имеется Git-репозиторий, то можно выполнить:
git config --global core.autocrlf input
Благодаря этому параметру код, полученный из репозиториев, на всех системах будет точно с таким же переносом строк, как и в репозитории. Однако, перед записью в репозиторий окончания строк будут конвертированы в LF. Эта настройка удобна для кросс-платформенной разработки в Unix-like системах, но так же может использоваться и в Windows. А если в Windows вам срочно потребуется CRLF, просто измените параметр input на true, таким образом при выгрузке кода из репозитория на машине пользователя будут CRLF-переносы, тогда как в самом репозитории так и останутся LF-переносы строк.