Почему flask? почему не django? Почему не фреймворк для php, с#, etc? Для начала я бы определился, как ты хочешь, чтобы проходило общение между ботом и админкой. Если брать питон, то как по мне, то джанго - очень хороший вариант. Написал модель(и), отобразил ее(их) в админке/написал нужные вьюхи, научил бота работать с модулями, можно через тот же джанго, можно через любой интерфейс работы с БД и вот тебе счастье