Можно использовать программу xrandr, написать небольшой скрипт, который будет выставлять положение мониторов относительно друг друга, и положить его в автозагрузку.
Посмотреть список мониторов:
xrandr
У меня это, например, VGA-0 и LVDS-0. Соответственно, скрипт будет выглядеть как-то так:
#!/bin/bash
xrandr --output LVDS-0 --output VGA-0 --auto --left-of LVDS-0