Хотелось бы сделать единую регистрацию, если они создают аккаунт на основе, то без труда могут зайти и на поддомены и теми же данными. Скажите, есть ли смысл в таким деяниях или же лучше отдельную бд им сделать?
Да, почему нет. Делайте. Главное чётко понимать то как это работает, чтобы в случае проблем суметь их решить. Будет совсем замечательно, если вы ещё и резервные копии будете регулярно делать (и сделаете резервную копию прямо перед настройкой всего этого дела).
Ещё хотелось бы узнать, сейчас там у меня 4 сайта и у кажого сайта своя БД и каждая бд использует собственного пользователя, нормален ли такой подход или лучше сделать одного пользователя для всех этих баз данных?
Это нормально. Так гораздо безопасней и удобней при обслуживании.
Ещё у кажого сайта свой владелец, а не один общий, это как то влияет на производительность сервера?
Нет, не влияет. Это тоже норма и тоже сделано для безопасности.