в linux ядре есть поддержка чтения fat и ntfs, я даже слышал, давно правда, об успешном запуске с ntfs диска, с кучей проблем но работало
но по факту, нормально и без танцев с бубном, корневая файловая система должна быть родной для linux (а точнее модулей grub и ядра linux), для этого и создают /boot раздел, отформатированный по простому в ext4 или btrfs или xfs в общем без необычностей, туда складывают ядро vmlinuz и мини линукс с модулями - initramfs, этот образ уже умеет любые извращения (он собирается автоматически при установке поддержки той или иной фичи пакетным менеджером) от lvm и шифрования до каскадного bcache с сетевыми дисками или блочным устройством на основе gpu ram (и такие модули есть)
опиши что да как сделал, что ожидал, что получил, с ошибками сюда, может тогда сможем помочь
