У файла есть аж четыре атрибута времени:
- Last write time (время последней записи)
- Creation time (время создания)
- Last access time (время последнего доступа)
- Change time (время изменения)
Если содержимое файла не менять, но менять метаданные (атрибуты файла, права доступа), то Change time изменится.
Смотрите в атрибуты "хороших" и "плохих" файлов и сравнивайте, что-то у них там отличается. Разные файловые системы поддерживают разные подмножества атрибутов.