Ненужна вам Ubunta и любой другой дистрибутив Linux. Вам ещё сюда рано... Вы потом будете проклинать всё на свете, и плодить миллионы вопросов на Тостере. У Убунту и некоторых дистрибутивов хоть и есть визуальная оболочка, но 80% это работа из консоли(чёрное окошко куда нужно будет вводить команды). В игрушки на ней не поиграете, программы так же специфические и не устанавливаются простым скачиванием установщика из интернета.
Мой совет, освойте Windows. Потом лезьте в эти дебри мануалов.

Заведомо непонятный ход с 1 винтом, да ещё и не в RAID. Да, SSD улучшит положение дел, и возможно решит данную проблему. Такой конфиг только под домашний веб-сервер можно использовать.
Но на будущее, если сайтов больше 3-5, делайте RAID массив. Это ускорит работу и поможет сохранить данные в случае смерти одного из винтов.

Больше похоже на отвал графического процессора. Вы используете встроенное графическое ядро для вывода или видеокарту? В любом случае проблема кроется там. Если используете дискретку, отключите в биосе видео ядро. И проверьте ещё раз. Или наоборот отключите дискретку и подключитесь через материнку.

Второй вариант однозначно лучше. Не забывайте, что путь к дочерним элементам может измениться, и ваша конструкция сломается.