Если это стук, то самое время перенести важную информацию с этого HDD, и ждать когда он окончательно сдохнет. Если похоже на учащенный треск, то это нормально, головка перескакивает на другой раздел и создает вибрации, часто когда большие файлы равного размера записанные большими кусками. Когда все раздроблено, то шума и треска гораздо больше. Тут разве что можно закрепить диск потуже, может резиновую прокладку вставить.