Я такую задачу решал написанием приложения на QT, в нем все окно занимает WebView. Т.е. получается такой браузер. Кроме WebView, приложение открывает COM порт (виртуальный, ридер подклбчен через USB), и ожидает оттуда данные. При получении пакета с кардридера, он взывает javascript функцию, передавая ей в качестве аргумента данные с карты. Как обрабатывать данные дальше - ограничено только Вашей фантазией. На разработку такого приложения у меня ушло 3 или 3.5 часа. Приложение разрабатывал под Mac OS, дальше его "просто скомпилировал" под Windows. Так-же оно должно "просто скомпилироваться" под Linux, FreeBSD и другие поддерживаемые QT ОС.