Eugene TI, я был таки прав. И это проблема приложений написанных на Java. Решение нашел
здесь. Надо определить значение свойства WMClass проблемного приложения. Запускаем указанную ниже команду в консоли:
xprop WM_CLASS
Затем кликаем по нужному окну. Команда должна выдать строку вида:
WM_CLASS(STRING) = "jetbrains-pycharm-ce", "jetbrains-pycharm-ce"
В конце файла *.desktop добавляем две строки:
StartupNotify=true
StartupWMClass=jetbrains-pycharm-ce # Здесь указываем первое значение полученное с помощью команды xprop WM_CLASS
И всё, ярлык приложения привязан к окну приложения. Результат: