1. Переместить файлы таблицы.
2. Создать пустую таблицу, скопировав CREATE TABLE с другого сервера максимально близкой версии.
3. DISCARD TABLESPACE.
4. Заменить файлы на сохранённые.
5. IMPORT TABLESPACE.
Если какая-либо таблица не удаляется либо не создаётся - попробовать провести те же операции, перегрузив сервер в режиме отключенной безопасности.
Если всё равно не получается - бэкапить всё, что бэкапится, после чего удалить сервер и поставить заново, затем вернуть бэкап. Бэкап базы MySQL предварительно внимательно просмотреть и вычистить оттуда всё, связанное с проблемными таблицами, в отдельные файлы. При необходимости - аккуратно восстанавливать и то, что убрано, но по одному запросу за раз, и хорошо подумав, какие это может повлечь последствия.