В blender'е применил физические свойства объекту и включил просчёт анимации. Нужно перенести изменённый объект из определённого кадра в сцену, для дальнейшего редактирования. Т.е. как зафиксировать промежуточные изменения из анимации в сам объект?
Если объект деформируется (софтбоди, ткань), то сконвертировать в меш в нужном кадре (Alt+C > Mesh from...).
Если динамика твердых тел, то надо применить трасформации (опять же, в нужном кадре: Ctrl+A > Visual Transform).