Я так понял основной вопрос в не числовых полях.
Если вы уверены что в БД1.таблице1 должен быть в точности тот же набор значений что и в БД2.таблице2, то у вас есть как минимум два варианта:
использовать хеш функции или CRC - это специальные функции которые считают некоторое число по любым данным. И если данные хотя бы буквой отличаются, то с очень высокой вероятностью будет отличаться и hash/crc
Поскольку одна из сторон сравнения у вас 1c, я предполагаю что она стоит у вас на MS SQL, вот ссылка на такие функции в ней. Дальше остается найти аналогичную функцию в исходной БД.
https://docs.microsoft.com/ru-ru/sql/t-sql/functio...