Во-первых, вот в этой строке, судя по всему, ошибка:
RewriteCond %{HTTPS} on
Должно быть
RewriteCond %{HTTPS} !on
(с восклицательным знаком), иначе я не понимаю смысл этой переадресации - это должна быть проверка на подключение по http (отсутствие https в УРЛе).
Кроме того, проверьте как будет работать, если заменить вот эти строки
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www.site.ru$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ https://site.ru/$1 [R=301,L]
на
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www\.(.+)$ [NC]
RewriteRule ^ https://%1%{REQUEST_URI} [L,R=301]
Это переадресация на УРЛ без "www.".