Не убьет ли сервер htaccess-файл на 6000 строк?
Не должен, если у вас нет какой-то совсем бешеной нагрузки.
Нормально ли воспримут поисковики такой переход?
Должны воспринять нормально. Посмотрите их гайды по миграции УРЛов, я не читал их уже давно, может быть что-то ещё можно (или нужно) сделать в Webmaster Tools и подобных местах.
Возможно, есть какие-то более правильные способы сделать такое?
Можно ещё сделать редиректы на уровне PHP (либо другого языка, на котором работают скрипты сайта), особенно, если статика остаётся на месте.
Также добавьте в head тэг rel canonical для новых адресов после обновления системы.