Вопрос решен установкой галочки "Автоматически оплачивать заказ при получении успешного статуса оплаты" в настройках обработчика платежной системы.

Проблема была в том, что неверно задавалась стоимость заказа при его создании (заказ создавался вручную) - не учитывалось количество товара. В результате, значения полей "Сумма заказа" и "Оплата > Стоимость > Сумма к оплате" были разными.

Разобрался, следовало настроить Профили обмена: "Магазин > Настройки > Интеграция с 1С > Профили обмена".