Да, содержат, иногда достаточно много, обычно это патчи, которые по тем или иным причинам не попали в оригинальные ядра. Например, многие дистрибутивы из коробки содержали не вошедшие в ядро патчи ( например для RaiserFS в свое время), драйверы для Wifi, сетевых плат, дополнительные планировщики IO, улучшения сетевых стеков, проприетарные драйвера.
Ближе всего к ванильному - ядра Debian. Но и там присутствуют бекпорты (патчи новых фич в старые ядра). Это делается для повышения стабильности с поддержанием новых интересных фич, не ломающих все остальное....
В большинстве случаев ванильные ядра подходят 90% пользователям. Но есть те 10%, ради которых дистрибутивостроители будут делать свои кастомные патчи.
