Как уже сказали, оно все отлично помещается в память в битмапе. Но если бы не помещалось (допустим, это не 32-битные ip адреса, а 48-ми битные MAC адреса) , то нужно было бы использовать какую-либо внешнюю сортировку и получить все адреса отсортированными. А дальше за один проход легко подсчитать уникальные.
Сортировать можно разными способами. Например, читать кусками сколько помещается в память, отсортировать как угодно, записать на диск. Потом получившиеся отсортированные куски можно объединять, как в сортировке слиянием.
Еще можно использовать radix sort.
Если есть еще и ограничения на использование места на диске, и в память оно не помещается, то можно воспользоваться
фильтром Блума. Заведите его на сколько у вас там памяти хватит. Возьмите много хеш функций. Ну и потом за один проход проверяйте, есть ли уже считанный адрес в фильтре. Если нет - добавляйте и увеличивайте счетчик. Вот только это вероятностый метод и он может недосчитать чего-то из-за ложноположительных срабатываний блум фильтра.