Стоит ли увеличивать размер сектора у sata SSD и у NVMe M2 до 4К
Зависит от ситуации.
Обычно меньше 4к смысла нет ставить, хотя могут быть и исключения, но не представляю таких ситуаций.
Увеличит ли это производительность виртуальных машин qcow2 на этих дисках (фс - ext4)?
Мало информации чтобы сказать. Там от многих факторов зависит.
Оптимальный размер кластера выставляется в зависимости от нагрузки на диск. Будет информация по нагрузке можно будет сказать.
Чем больше кластер- тем больше нагрузка приближается к линейной.
Чем меньше кластер - тем больше нагрузка приближается к случайной.
Если у вас идут в основном мелкие запросы кластер надо делать поменьше, если идут большие запросы в основном, то побольше.
Для ОС оптимальное значение 4к.
Файловая 1с например читает по 8 или 16к. - соответственно и ставим.
Сервер SQL работает с блоками по 64к - следовательно размер кластера надо ставить не меньше.