zooks

Неправильно сделан сайт. Для обеих версий MODX необходимо добавлять тег:
<base href="/">

Они там точно есть? Возможно данные вынесены в шаблон.

Правильно вот так:
[[pdoMenu]]
Т.е. без Wayfinder, через pdoTools.

Неправильно настроен сертификат на сервере.
https://www.ssllabs.com/ssltest/analyze.html?d=rob...
CMS тут ни при чем.

Из вопроса не совсем понятно что не то в путях.
Проверьте чтобы были включены Friendly URL и смотрите вложенность в категориях.

Все шаблоны и некоторые чанки MODX выношу в статичные ресурсы.
Т.е. они начинают читаться из файлов, а не из бд.

Хранить эти файлы удобно по адресу /assets/templates/
CSS, скомпилированные из SASS сборщиком, кидаются в /assets/css/
Шаблоны при этом удобно писать на Pug (Jade).

pdoField в помощь (замена UltimateParent)
https://docs.modx.pro/components/pdotools/snippets...

Рекомендую очистить кэш /assets/components/phpthumbof/cache/*
Отключать не нужно - иначе сайт будет грузиться медленно.

Видимо, не все конфиги исправлены.

/core/config/config.inc.php
/config.core.php
/connectors/config.core.php
/manager/config.core.php

Можно. Точно не помню, нужно указать то ли 0, то ли auto для thumbHeight.

Рекомендую pdoMenu из pdoTools вместо Wayfinder - там можно задать элементы без создания лишних чанков.

https://docs.modx.pro/components/pdotools/snippets...
См. раздел "Параметры шаблонов", чтобы заменить обертки внутренних пунктов меню на div.

При редактировании ресурса:
Настройки - тип содержимого: XML
Псевдоним - sitemap

При использовании статичных файлов есть два варианта:
1. Чистить кэш в админке после каждого сохранения (или в терминале папку core/cache/*).
2. Отключить глобальное кэширование в настройках и кэширование шаблона в настройках шаблона.

Либо нарушены конфиги, либо .htaccess. А это может быть в том случае если сайты на аккаунте заражены.