Винду переустанавливать? :)
Ага, на Linux :)
А если серьезно, то надо сделать следующее:
1. Полное сканирование на вирусы антивирем.
2. Процесс либо скрытый, либо инжектирование в другой процесс. Можете вычислить это убивая процессы, и смотря на реакцию copy-paste номера.
3. Если не было архива crc-сумм файлов (что делают некоторые антивирусы), то нельзя определить были ли они изменены. Если такие данные есть, то проверить.
4. Поставить твикалку буфера обмена типа ClipMate, посмотреть на результат.
5. Раньше мне в подобных случаях помогал как это ни странно Norton WinDoctor (но давно это было).
Ну это так на вскидку. Винду снесете — думаю точно поможет.
Ну а можно и правда линь поставить ;-) Удачи!