В Windows может и кривовато, а в Linux симлинки работают отлично, а для указанных целей это как по мне вообще идеальный вариант. Мне вот например наоборот удобно, когда все синхронизируемые данные лежат в одной папке — так их легче контролировать. А симлинки позволяют забыть об ограничениях.
