Проектирование структуры приложений для начинающего?

Не советую читать книги без минимального опыта (как минимум 2 года), потому что эти знания будут прочитаны впустую. Без опыта никак нельзя вынести полезное из этих книг.

Что нужно знать и уметь джуниору PHP программисту для того чтобы устроится на работу(минимальный набор знаний)?

До этого где работали?

Что использовать при большом количестве UPDATE запросов?

Может вам стоит оптимизировать запросы? Или сервер мускула.

Как реализовать генератор интерфейса на основе загружаемого класса?

рефлексия, интересно только для чего?

Нужно ли разделять модель с выводом данных и поиском?

Посмотрите лучше реализации таких орм как доктрина, актив рекорд, элокент

Как хранить пароли пользователей?

Фейсбук же хранит пароли в открытом виде, и вы храните. Че вы хуже фейсбука?

Как вывести массив в массиве красиво разложив?

Ну возможно стоит пробежать по массиву и вывести данные в табличном виде. Я хз в чем тут проблема.

Смена движка InnoDB → MyISAM на таблице с триггерами?

какая цель смены движка?

Как сделать такой бэкграунд футеру?

Проще в svg пихнуть

Видеокурсы PHP С Русскими субтитрами?

Ищите что-то типа php cookbook на русском, я в свое время читал книжку по yii2 там не было воды, а разворачивали настоящее приложение на фреймворке. Очень много полезного узнал и практику получил.

Как сделать подсчет дней с даты?

Deman1, тогда вам на js надо сделать

Как вывести время на сайте не зависимо от часового пояса клиента и его системного времени?

может проще на фронте это сделать?

Соединить 5 файлов txt в один на PHP?

что мешает перед этим форычем написать
file_put_contents("next.csv", '');

Как быстро въехать в чужой проект?

как минимум месяц требуется чтобы более менее ориентироваться в новом проекте

Как запретить копировать (сохранять) файлы с сайта?

aliasst, показывайте в тимвивере или в скайпе делитесь экраном.

Как просчитать все варианты совмещения на php?

посмотрите комбинаторику, там наверняка найдется формула для вашего случая

Как правильно выводить товары по категориям на php + sql?

Evgeniy V., какая версия мускула?

Как правильно выводить товары по категориям на php + sql?

Можно ли сделать такое разделение одним sql запросом?

Можно

Как осуществить поиск по нескольким сущностям Doctrine?

к чему такие сложности?

Безопасность и анонимность в сети, где прочитать?

гуглить пробовали? на том же хабре миллион статей