Делаете бекап, конвертируете, проверяете.
Так-то триггеры живут уровнем выше storage engine и задеть не должны.
PS: и стоит ещё раз внимательно подумать, точно ли хорошая идея менять транзакционный innodb на какую-то кучу бинарного мусора. Если вы понимаете, что транзакционность - это не только про слова begin/commit.