1) Если речь идет о патчах для кода, то скорей всего вы работаете не один, если вы работаете не один, то вам просто необходима система управления версиями, например GIT. В нем кстати очень просто создаются и применяются эти самые патчи.
git apply < example.patch
2) По поводу кеширования уже написали выше, добавлю что бывает разные уровни кеша, кеш непосредственно самого приложения, кеш сервера, кеш браузера к примеру. В каждом конерктеном случае используются свои инструменты.