Мои знакомые пилят сейчас
csscleaner.net/ как раз то что вам нужно. Однако, сейчас работает довольно медленно.
PS обратите внимание, что сервер не может парсить страницы, закрытые авторизацией, поэтому нужно либо заливать zip архив (не проверял работает ли), либо открывать страницы для доступа неавторизированным пользователям.
PS2 Кстати, если у вас есть идеи как обрабатывать закрытые авторизацией страницы — я бы передал им их.