1. Регламентируете структуру кода (как и что именовать, оформлять, куда и как подключаться и т.д.), требования при взаимодействии с другим уже готовым функционалом (учётки, бд, пулы, статистика, логирование и т.д.) и общие требования к модулю или к php-классу.
2. Новый функционал - заранее проектируете с помощью нужных классов и методов в виде блок-схемы.
3. Всё документируете (включая взаимодействие блоков на блок-схеме в отдельном разделе) и строго по докам даёте кодерам на реализацию.
После - ревью кода автоматическое и, если успешно - уже вручную человеком.
Потом - тестирование и релиз модуля в dev-среде/лабе.
И только после всего этого - внедрение нового модуля в РАЗРАБАТЫВАЕМЫЙ проект! Т.е., даже не в релиз или в паблик!
Тогда - чихарды не будет!