Можно в Evernote, например. Я сниппеты и вырезки туда складываю. Порой просто сохраняю в txt файлы. По части «без присмотра» — у меня есть, простите, папочка SORT_THAT_FUCKING_ASSHOLE, которой раз в месяц по крону делается rm -rf. Мотивирует.
Рутовый раздел закриптовать можно при условии что это целиком аппаратная виртуализация и есть доступ к псевдо-KVM. Аппаратная — это KVM, XEN-HVM, VirtualBox, XenServer, ESX/ESXi
