Здесь главное просто конвертировать формат виртуального диска, больше ничего для виртуалки не надо. Ну, и желательно заранее переписать основные параметры виртуалки: vCPU, vRAM, тип диска (scsi, sata, sas, ide и т.д.). А дальше всё просто - копируешь виртуальный диск (диски), гуглишь тулз для конвертирования (vmdk-vhd, например), на новом гипервизоре заводишь виртуалку с такими же параметрами, подключаешь к ней конвертированный диск, должно заработать, я так много раз делал, с разных гипервизоров туда-сюда. Главное проверить смержить снапшоты в первую очередь, перед любыми операциями!
Как автоматически всё это добро мигрировать, если у вас сотня машин, не подскажу, есть проприетарные решения, возможно.
Есть ещё очень грубый способ, но зато рабочий, как топор: ставишь на саму виртуалку Paragon или Acronis, "бэкапишь" её в нужный формат, они оба умеют делать бэкап системы в образ vhd, и этот бэкап-vhd подключаешь к виртуалке в hyper-v.