Есть ли какая-нибудь утилита, в которой можно открыть два файла, и она покажет совпадения и различия
1. excel
2. php скрипт написать, который обработает 2 файла как Вам надо
В помощь:
php.net/manual/ru/function.get-defined-vars.php
3. Так как у Вас php файлы и там созданы переменные, то можно логику всунуть в этот самый файл, получить список переменных, перебрать и записать в базу, вызвав этот файл. Проверить, все ли записалось, снести файлы и работать потом спокойно с таблицами, делая выборки и проверяя наличия тех или иных ключей, сравнивая и т.д.
ЗЫ: обычно создают массив и тянут перевод по ключу, а не плодят переменные