Потому что вы написали "у" не английский, а русский. В консоли есть ошибка y is not defined. Замените на строке 20 все y.
И плюс в начале кода есть переменные res и com, которые не оглашены (напишите var перед ними)
<meta charset="utf-8">
<script>
var x = +prompt('введите число №1');
var y = +prompt('введите число №2');
var z = +prompt('введите число №3');
var res = 'не все числа введены правильными (числами), введите числами, без букв';
var com = 'Есть числа которые равны друг с другом, укажите 3 разных числа';
while(isNaN(x) || isNaN(y) || isNaN(z)){
alert(res);
x = +prompt('введите число №1');
y = +prompt('введите число №2');
z = +prompt('введите число №3');
}
if ((x == y) || (y == z) || (z == x) alert(com);
if ((x > y && x < z) || (x < y && x > z)) alert(x);
if ((y > x && y < z) || (y < x && y > z)) alert(y);
if ((z > x && z < x) || (z < x && z > x)) alert(z);
</script>