все зависит от стратегии в каком ты рынке
если ты клепаешь быстрые проекты и знаешь точные сроки по их воспроизводству, то время на работу тебе известно, дальше плюсуй в эту стоимость время, которое ты тратишь на косвенные работы, согласование с заказчиком. переговоры с потенциальными заказчиками, поиск проектов. Упаковывай это в коробку и продавай.
Если задание более серьезное, считай стоимость от технического задания, чем оно более плавающее, тем менее точные диапазоны ты можешь дать. Потому прицелившись и на глазок оценив стоимость таких работ ты легко можешь попасть в просак. Так что тут лучше просто сойтись на контракт по часам. Стоимость часа по рынку тоже достаточно не сложно выявляется.
Дмитрий красиво озвучил два вопроса заказчика, видимо он только с хорошими заказчиками имеет дело. Есть и не такой тип заказчика, а потому любое тз, которое дробит сумму по подзадачам может стать поводом заказчику под приземлить проект, скажем упростив его части, и тут нужно быть точно уверенным, что упрощение будет. как то так. А вообще, только опыт даст правильный путь.