Я думаю, что процесс все же прибивается, просто запускается с новым пидом. Судя по всему не вы его на продакшен вливали, потому и такие вопросы.
Варианты
1. Запуск с процесса из под рута это дичь.
2. Зайти под рута, проверить нет ли пм2, чистый ли крон и тп, проверить нет ли сервиса на авторестарт.
3. Разобраться что хочется запускать и через что, я поддерживаю пм2, оч достойная утилита.