Тоже иногда такое практикую (когда это оправдано экономией времени малым риском)
Некоторые мысли:
1. А если злоумышленник попадёт на сервер и получит права на запись в Git репозиторий — он сможет его уничтожить — видимо да
stackoverflow.com/questions/2006172/how-to-reset-a-remote-git-repository-to-remove-all-revisions
2. Откатиться на предудущую ревизию можно и в обычных системах деплоя (бывает symlink ставится на определённую ревизию).
3. Нужно не забыть убедиться что .git папка не была доступна из веба
4. Системы деплоя могут делать гораздо более сложные вещи — перезапускать серверные процессы по одному, использовать кастомные скрипты деплоя, выполнять миграции БД, отслеживать ошибки деплоя. А тут Вам придётся со своей системой всё делать самостоятельно.