Виктор Петров

Частичные копии - не технические дубли. Поисковая система такой canonical может запросто проигнорировать. Вопрос правильнее решить настройками шаблонизации мета и (или) уникализации контента.
Кроме того, ситуация может иметь временный характер, тем более - в Яндекс. Он постоянно что-то пересчитывает, закидывает в индекс и выбрасывает - иначе не умеет.

А цель-то какова?
Вообще говоря, вариант один: ссылка должна оборачивать заголовок, не наоборот. Это всё, скорее, про валидацию, и про учёт ссылочных анкоров. Но если речь об учете этих самых анкоров в рамках текстового анализа - разницы особой нету.

Canonical во всех случаях может быть только один: полный URL страницы, которая должна быть в поиске, то есть целевая посадочная страница под какую-то группу запросов для исключения полных дублей.

Никак и низачем. Если речь о перерисовать - перерисуют. Любая защита для того, что может быть выведено на экране - бесполезна.
Возможно, я бы подумал о защищенном pdf, куда вшит html с прозрачным пиксельным gif или png поверх картинки, чтобы нельзя было скопировать.
Но по опыту – если захотят украсть, то сопрут так или иначе.

Нет никакой разницы. И ПС всё равно, шаблон это или уникальный дизайн.
Главная возможная проблема - это то, что в шаблоне могут быть бэкдоры или уязвимости, благодаря которым сайт может быть взломан. Вычищать с сайта "червей" или из индекса странички, сгенерированные залитым на сайт дорвеем - то ещё удовольствие, да и взлом может стать причиной пессимизации. ПС не хотят, чтобы их пользователи попадали под угрозу, и позиции в выдаче можно потерять надолго.
Но сам по себе "нулленый" шаблон причиной пессимизации сайта быть не может.