Можно: термопара дает ЭДС, она усиливается (или нет), идет на АЦП, с которого RPi берет данные. Наверное как-то так. Использование именно термопары, кстати, принципиально? Может датчик с цифровым интерфейсом подойдет?
Ну, тащемта, детальное понимание работы имеющегося софта позволит переписать его под другую платформу. Можно, в принципе, посмотреть спецификацию на чип (если она есть) и попробовать написать по ней, но к реверсингу это будет имело слабое отношение.
Сначала найти, потом - решить. Начать с проверки памяти через memtest, обязательно с загрузочного носителя. Потом - файловая система и ошибки чтения диска. Потом можно вирье проверить или систему переставить.