Это нормальное поведение.
jsfiddle.net/1vrm94a2 - absolute, скролл есть.
jsfiddle.net/ys6ry7L8 - fixed, скролла нет.
То, что элемент, позиционированный как absolute, вне основного потока элементов (или как это по-русски правильнее?), не говорит о том, что родительный контейнер должен не показывать скролл, если дочерние элементы в него не влязят. Вы можете сделать это с помощью overflow, если нужно.
jsfiddle.net/j2nh9bb7 - overflow: visible;
jsfiddle.net/y2u84t8L - overflow: scroll;
jsfiddle.net/tzubgmwp - overflow: hidden;
А вот fixed-позиционирование не влияет на скролл/overflow никак (
jsfiddle.net/kbox2nzg), да, т.к. такое поведение в него изначально было заложено - привязываться к определенной точке вьюпорта и не влиять на скролл/overflow.
Более того, влияние absolute-позиционирования на скролл - это правильно. Что будет, если ваша менюшка не влезет?