Стоит ли использовать стандартные виндовые средство резервного копирования?
стоит
Какие варианты еще есть кроме ежедневного снятия образа системы сторонним ПО и хранения на другой машине?
еженедельный/ежемесячный
А вообще, утилит жеж для этого вагон и маленькая тележка. И вы можете выбирать какие файлы/папки бэкапить, как часто, куда их складывать.
Можете написать/найти скрипт, который будет делать это так, как вам удобно.