Наверное потому что у команды tree нет параметра --hidden, впрочем как и у dir.
Можете написать небольшой скрипт: с помощью dir /ahd /b /s - выводите список скрытых каталогов, сохраняете его в файл. Дальше проходитесь attribом по каждому каталогу из файла и снимаете аттрибут "скрытый", выполняете tree, снова attribом устанавливаете аттрибут.
Другой вариант - ищите стороннюю утилиту, которая умеет строить деревья каталогов включая скрытые.
PS: вообще нафига вам эти заморочки со скрытыми каталогами? Что .git глаза мозолит?