unitygame2d

Основы неизменны. А новые фичи - это в основном сахарок.

При нормальном овладении 4.0 - все новое, что появилось в 5,6,7 спокойно усваивается за 15 минут с эмоциональной оценкой "о, так удобнее".

1. Зависит только от требуемой стилистики, в силу п. 2.
   
2. Unity3D не понимает вектор. В принципе, можно рисовать в Adobe Illustrator, CorelDRAW, Sketch или в Inkscape, но все равно придется экспортировать в растровые форматы.
   
3. Если анимацию будете делать в самой юнити, то пофиг, ибо п. 2
   

Скелетная анимация однозначно проще в производстве и занимает меньше памяти, но, например, такую анимацию с ней не сделать:

Покадровая анимация позволяет нарисовать что угодно, проще добавлять эффекты и менять свойства материалов, можете хоть трёхмерную анимацию в спрайты запихать. С другой стороны, со скелетной анимацией проще делать плавные анимации, проще итерироваться. Я бы советовал попробовать с ней, благо юнити бесплатно предоставляет официальный плагин. Конечно, если вы супер-пупер-быстрый художник или делаете файтинг, то, возможно, лучше будет использовать покадровую анимацию.
Советую посмотреть презентации по ссылкам ниже, это позволит вам лучше понять разницу в рабочем процессе:
Animation Style and Process for Broken Age
Making Fluid and Powerful Animations For Skullgirls