- в поддержку яндекса обращались с проблемой?
Как вариант, настройте клиента, отличного от Outlook и родного клиента Яндекс, и посмотрите, что он покажет- проблема может не воспроизводиться месяцами, и вдруг резко накрыться. Так что поймать не получается. В организации 30 пользователей, вот сегодня у 2их появилась проблема с тем что Outlook (ПК) не получает новые сообщения, в тот момент когда на смартфонах все работает (Outlook Android, Yandex.Mail Android). Пришлось удалить и создать конфигурацию заново, чтобы все заработало.