D_mi_try, После очистки через WSUS выполните сжатие через SSMS. "Задачи", "Сжать" и галочка "с реорганизацией".
Если этого окажется недостаточно, то с помощью отчётов и профайлера найти "тяжёлые" запросы. По их оптимизации и нужно будет оформить новый вопрос с соответствующими тегами.