Никогда об этом не задумывался. Забавно =)
Какие параметры влияют на размер селекта можно глянуть в документации html-css стандартов.
www.w3.org/TR/css3-ui/#default-style-sheetselect[size]
{
/* HTML4/XHTML1 <select> w/ size more than 1 - appearance of list */
display: inline-block;
height: attr(size,em);
}
Суть в том, что line-height не влияет на высоту селекта, для расчета берется только размер шрифта.
Для одинаковой высоты нужно конкретно указать height: 40px
Кстати, в firefox высота у блоков одинаковая, в вашем примере, наверно формула расчета для высоты селекта отличается в разных браузерах.
Надеюсь помог.