у вас в примере xhr: X-CSRF-TOKEN
а в примере с fetch: X-XSRF-TOKEN

проблема с синхронизацией хешей установленных/доступных пакетов, бывает в основном при проблеме с диском во время upgrade (достаточно редкая штука). попробуйте отправить сервер в ребут, после чего

apt-get clean
apt-get update
apt-get upgrade

если ошибка останется выполните проверку смонитрованного диска
sudo fsck -y -f -v /dev/sda1
/dev/sda1 - это смонтированный раздел, у вас может отличаться